中國醫藥大學北港分部位於雲林縣北港鎮東北方近郊，北港係屬雲林縣的大鎮，位在台灣西部的濱海地區，人口約六萬人，土地約四一、九九九平方公里，居民以業農者為多，業商者次之，其他行業只佔少數。鎮上有一間名聞海內外，香火鼎盛的媽祖廟，每年來此進香參拜之善男信女無以數計，致令北港鎮熱鬧繁榮冠全縣。
北港分部校園中包括本校北港附設醫院（又名媽祖醫院或中正醫學中心），佔地約四公頃，校區主要建築物包括：五層教學大樓一棟，及五層之男、女生宿舍各一棟，分部周圍，良田美景，一望無際，校園內綠草如茵，花木滿園，分部的環境幽靜素美，實在是一個適合讀書與生活的好地方。
北上
| 自行開車 |
國道一號
（中山高） |
- 下嘉義交流道，轉159縣道（太保市北港路→新港鄉中山路）前往新港，接164縣道（福德路）往北港，轉台19線省道，於全家便利商店向右轉 145縣道（新德路）直走。
- 下民雄交流道，走164縣道至北港，轉19線省道，於全家便利商店向右轉 145縣道（新德路）直走。
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國道三號
（二高） |
- 經白河（約300km處） 水上系統，接東西向台82線快速道路，接中山高至嘉義交流道，轉159縣道（太保市北港路→新港鄉中山路）前往新港，接164縣道（福德路）往北港，轉台19線省道，於全家便利商店向右轉 145縣道（新德路）直走。
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| 客運 |
統聯客運
北港站 （05）7732-312 |
- 高雄→北港→三條崙（經口湖）1650【時刻表】
- 高雄→北港→三條崙（經四湖）1651【時刻表】
以上路線搭至「北港站」下車，步行10~15分鐘即可到達本分部。 |
| 火車 |
- 嘉義火車站：至前站轉乘嘉義客運（嘉義→北港 7201【時刻表】、7202【時刻表】），於終點「北港站」下車，步行20~25分鐘即可到達本分部 。
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| 高鐵雲林站(虎尾) |
- 轉搭計程車至本分部（約500元）。
- 轉乘台西客運（高鐵雲林站(虎尾)---北港301【時刻表】），於媽祖醫院下車，步行5~10分鐘即可到達本分部。
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南下
| 自行開車 |
國道一號
（中山高） |
- 中山高（約243km處）雲林系統出口，接東西向台78線快速道路，往台西方向從虎尾/土庫交流道下，往土庫方向，延145縣道即可至北港
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國道三號
（二高） |
- 二高（約269km處）古坑系統，接東西向台78線快速道路，往台西方向從虎尾/土庫交流道下，往土庫方向，延145縣道即可至北港
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| 客運 |
台西客運
北港站 05-7820574 |
- 斗六－惠來厝－北港7123【時刻表】
- 斗六－北勢子－北港7124【時刻表】 （其中11：35及19：40停靠「媽祖醫院」）
- 台中火車站<--->北港9015【時刻表】
以上路線搭至「新街站全家便利超商」下車，步行10~15分鐘即可到達本分部。 |
統聯客運
北港站 05-7732-312 |
- 台北→北港→三條崙（經四湖）1633【時刻表】至北港鎮「新街站全家便利超商」下車，步行10~15分鐘即可到達本分部。
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日統客運
北港站 05-7825-057 |
以上路線搭至「新街站全家便利超商」下車，步行10~15分鐘即可到達本分部。 |
| 火車 |
- 斗六火車站：至後站轉乘台西客運（斗六→北港 7123【時刻表】、7124【時刻表】），於北港鎮「新街站全家便利超商」下車，步行10~15分鐘即可到達本分部。
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| 高鐵嘉義站(太保) |
- 轉搭計程車至本分部（約500元）。
- 轉乘嘉義客運（高鐵嘉義站(太保)<--->北港7235【時刻表】），於終點「北港站」下車，步行20~25分鐘即可到達本分部。
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其他交通資訊
| 鎮上 → 分部 |
- 媽祖醫院院車 （請至鎮上圓環彰化銀行候車，週六下午及週日停駛） 【時刻表】。
- 友善校園假日返校接駁車（免費）：每週日20：30於嘉義客運北港站搭乘至分部，採事先登記，人數須滿5(含)人以上始發車。
- 嘉義客運北港→土庫（經內寮）7219【時刻表】17：30於「北港站」搭乘至「媽祖醫院」站下車。
- 台西客運北港→斗六7124【時刻表】12：25及17：35於「北港站」搭乘至「媽祖醫院」站下車。
- 搭計程車（約120~150元）。
- 步行約20~25分鐘。
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| 分部 → 鎮上 |
- 媽祖醫院院車（請至附醫大門候車，週六下午及週日停駛）【時刻表】。
- 嘉義客運土庫→北港（經內寮）7219【時刻表】6：40及18：10於「媽祖醫院」站搭乘。
- 台西客運斗六→北港7124【時刻表】11：35及19：40於「媽祖醫院」站搭乘。
- 搭計程車（約120~150元）
- 步行約20~25分鐘
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